De origen medieval, su morfología actual es resultado de las reformas gótico tardías del siglo XVI y de nuevas modificaciones realizadas a finales del siglo XVIII principios del XIX.

Tiene planta de cruz latina con nave dividida en tres tramos, crucero, transepto y cabecera poligonal.

La parroquia de San Pedro aún de origen medieval, fue reconstruida en el siglo XVI en estilo gótico renacentista. Correspondiendo a este momento la traza de la cabecera, crucero y nave. Más tarde, entre el siglo XVIII y XIX, se añade un cuarto tramo a los pies de la nave que se cubre con bóveda de crucería de nervios mixtilíneos para armonizar con las restantes cubiertas; dos capillas inmediatas al crucero, escaleras y coro. Al exterior la portada principal, torre y pórtico. Las ampliaciones estuvieron dirigidas por Antonio de Oteiza en 1772.

Por último en 1855 se construye la nueva sacristía adosada a la cabecera del templo. El proyecto de Vicuña, de estilo neoclásico, es respetado por Pablo de Urroz que construye una monumental rotonda. La fachada, erigida a partir de 1776, se realizó combinando elementos tardo barrocos con otros neoclásicos e incluso renacentistas. Se articula con cuatro triples pilastras dórico-toscanas en tres calles. La central, mayor, alberga una portada retablo. Las laterales van articuladas con tres vanos superpuestos decrecientes de tamaño en altura. La parte izquierda sirve de base a una esbelta torre de dos cuerpos, prismático y ochavado respectivamente, rematando con una compleja cúpula. La otra lateral se corresponde con el pórtico.

En el interior, pila de agua bendita del siglo XVIII. Una pila de bautismos del siglo XVI e imaginería popular barroca en la capilla del baptisterio. Retablo de San José en la capilla de su nombre, rococó, y un tornavoz de madera barroco que cobija una talla de la Virgen del Carmen, correspondiente a fines del siglo XVIII. En el crucero, un retablo de la Virgen del Rosario, manierista, de principios del XVII. En el muro frontal, un retablo de la Inmaculada que se concluyó en 1716 pero fue modificado con gusto neoclásico.

Del conjunto de retablos que aloja en su interior destaca el Retablo Mayor, obra romanista realizada entre 1594 y 1610 por el escultor estellés Bernabé Imberto. Los personajes son de gran fuerza y belleza idealizada, visible en los rostros de los santos y santas.

Es interesante el lienzo de Santiago Matamoros, titular del retablo barroco que se sitúa en el lado del evangelio. Se trata de un cuadro barroco del último tercio del siglo XVII, de compleja composición, dinamismo en los personajes y cálido colorido.

Del lado de la epístola, el retablo de Santiago que data de 1716 y está profusamente decorado. En el ático se encuentra un lienzo con una escena de Santiago Matamoros, interesante dentro del período barroco en la merindad de Olite. El retablo de Cristo crucificado, el de San Francisco Javier y un retablo procedente de la ermita de Andión, completan las capillas. En un expositor de estilo rococó aparece la Virgen de Andión de iconografía medieval modificada en el siglo XVIII. Sillería de estilo rococó en el coro. Varias tallas de diferentes épocas y estilos y numerosa orfebrería en la nueva sacristía. Retablo principal de la parroquia, renacentista, firmado en 1594 por Bernabé Imberto. De orientación netamente grecorromana, el efecto es grandioso debido sólo a su arquitectura. Aparecen frontones, columnas de los tres órdenes, salientes y entrantes y cornisas apenas decoradas con efectos perspectivistas.

El primer cuerpo con escenas de la Pasión, y tras un entrepaño con doctores y vírgenes, el segundo cuerpo con escenas de San Pedro y los bultos de San Andrés y San Pablo. Otro entrepaño lleva los evangelistas. El tercer cuerpo lleva escenas de la vida de la Virgen y dos santas. El Calvario remata la obra con San Juan, la Virgen y los Apóstoles. En el siglo XIX se deshizo el sagrario en piezas que se aprovecharon parcialmente junto con un ostensorio barroco. Elegante policromía que se aparta de los modos usuales de los maestros de Navarra, tal vez de Alonso de Logroño y Vega. Sagrario que vino de otra iglesia con temas esculpidos del citado Imberto y buena policromía.

La iglesia de San Pedro cuenta con un órgano rococó. Este estilo, que afecta sobre todo a los aspectos decorativos, está muy presente en las cajas de los órganos. De esta época (segunda mitad del siglo XVIII) quedan muchos, y son los de fachadas más llamativas y fastuosas. Aunque se cambió la estructura del órgano, se mantuvo la caja.